L'histoire secrète du clan foot
Avant New York, avant les Tortues, se jouait l'histoire de deux maîtres du Japon féodal, Hamato Yoshi, destiné à devenir le sage maître Splinter, d'une part, et Oroku Saki, destiné à devenir l'implacable Shredder, de l'autre. Héritier du trône des Foot, ce dernier va devoir faire face à ses propres démons pour mener à bien le destin de Takeshi Tatsuo, mystérieux fondateur du clan ninja le plus dangereux du Japon.
De nos jours, les Tortues essaient tant bien que mal de démêler les fils du passé trouble de leur maître, témoin malgré lui de l'ascension de son pire ennemi.